InkscapeにはGUIを起動せずにファイルを処理するためのコマンドラインオプションがあります。

しかし、標準で配布されているWindows版のInkscapeにはコンソールへの出力機能がないため、 そのままではコマンドラインで使用することができません。 コマンドラインで使用するためには、コンソール版のInkscapeが必要となります。 コンソール版はリリースされていないため、 ソースを入手して自分でコンパイルしなくてはなりません。

ただしコンソール版は、 GUIを起動するときにもコマンドラインのウィンドウが一緒に表示されてしまいます。 コマンドラインから使用する予定が特になければ、 デスクトップに邪魔なウィンドウが表示されることのない標準のものを使用する方が良いでしょう。